Séries de webinaires sur les problématiques de recherche reproductible. Épisode VI. Science reproductible en Bioinformatique

Pour améliorer concrètement notre pratique en terme de reproductibilité de la rechercher, nous organisons avec des collègues une série de webinars ayant pour objectif de partager un savoir-faire ou des idées sur ces différentes thématiques. Ces webinars s'adressent à tous (doctorants, post-doctorants, ingénieurs, chercheurs, …) et sont en anglais. Nous avons déjà eu cinq séminaires sur le thème couvrant des sujets aussi variés que :

• la gestion d'un cahier de laboratoire et d'articles réplicables,
• le contrôle de son environnement,
• la reproductibilité numérique,
• le traçage et la sauvegarde de son activité,
• l'archivage du logiciel et des données.

L'ensemble des documents et des vidéos est évidemment en en ligne à partir de l'adresse suivante : https://github.com/alegrand/RR_webinars

Le prochain webinar portera sur la "Science reproductible en Bioinformatique" et sera donné par :

• Sarah Cohen-Boulakia (Université Paris-Sud),
• Yvan Le Bras (Muséum d'histoire naturelle) et
• Jérome Chopard (INRA/Inria).

Les processus d'analyse en bioinformatique et en biologie computationnelle sont complexes, multi-niveaux et impliquent des volumes de données massifs et particulièrement hétérogènes. S'assurer de la reproductibilité d'analyses bioinformatiques est devenu à la fois de plus en plus important et de plus en plus difficile à assurer. Dans ce séminaire, les points suivants seront abordés:

1. Après une présentation rapide de l'état actuel de la reproductibilité en bioinformatique et en biologie computationnelle, nous donnerons un aperçu des approches et des solutions actuellement utilisées dans la communauté.
2. Deux cas d'études réels d'analyses de données biologiques seront ensuite considérés et mis en oeuvre à l'aide de deux systèmes de workflow scientifiques populaires: Galaxy et OpenAlea. Nous montrerons en quoi ces systèmes sont complémentaires et comment ils permettent d'aider les utilisateurs finaux à gérer différents niveaux de reproductibilité (de la reproduction à l'identique d'une analyse et la réplication dans des contextes similaires à la reproduction des résultats en utilisant d'autres méthodologies).
3. Le séminaire se terminera en soulignant les problèmes et les besoins toujours d'actualité et en exposant les opportunités de recherches des communautés de l'informatique et de la bioinformatique.

Ce séminaire aura lieu le mardi 6 décembre de 13:30 à 16:30PM (UTC+1) dans l'amphi du bâtiment IMAG à Grenoble. Il sera diffusé en temps réel et mis à disposition une fois retravaillé. Comme d'habitude, il sera possible d'interagir avec les intervenants (en particulier durant les parties pratiques) en passant par des médias parallèles au webcast (pad, hangout, …). L'ensemble des informations est disponible ici : https://github.com/alegrand/RR_webinars/blob/master/6_reproducibility_bioinformatics/index.org

Si vous souhaitez suivre cette intervention, je vous invite à regarde si une salle a été prévue près de chez vous sur la page précédente et si ça n'est pas le cas à en réserver une et à mettre la page à jour car il est plus facile/agréable d'apprendre avec d'autres que tout seul dans son coin. :)

À bientôt j'espère,

Arnaud Legrand